Au niveau variétal, les agriculteurs ont le choix entre six variétés de moutarde noire : des variétés développées par l’APGMB, l’association des producteurs de graines de moutarde de Bourgogne, en partenariat avec l’Institut Agro de Dijon. « Il faut environ 2 kg de graines pour semer un hectare, précise-t-il. Mais mieux vaut prévoir un peu plus car les levées et les premières semaines de végétation sont parfois difficiles. Entre les attaques d’insectes, de grosses altises notamment, et les risques de gel, il n’est pas rare que les agriculteurs aient à ressemer la totalité de leurs hectares, comme ce fut le cas en 2003 et 2012. » Les génétiques sélectionnées sont des variétés de printemps, semées le plus souvent dès le mois de septembre, pour profiter d’un potentiel de rendement plus élevé, de 20 % en moyenne.
Les attaques de ravageurs restent le principal fléau de la culture de moutarde. « En colza également mais pour celui-ci, l’une des parades consiste à anticiper les semis pour que les plantes soient assez vigoureuses quand attaquent les premiers insectes, explique Jérôme Gervais. Mais avec la moutarde, cette stratégie n’est pas possible. Semées trop tôt, les plantes risqueraient de fleurir avant l’hiver ! Et côté chimie, aucune solution insecticide n’est homologuée sur moutarde. En moyenne, le rendement attendu oscille entre 1,7 et 1,8 tonne/hectare , soit moitié moins qu’un colza. Mais ces trois dernières années, nous étions plutôt aux alentours de 1,1 t/ha. D’où la nécessité d’avoir des prix rémunérateurs pour décider les producteurs à opter pour la moutarde plutôt que pour le colza. En moyenne, la marge attendue pour une moutarde est supérieure de 20 % à celle d’un colza. »